Ves Mrač se poprvé připomíná v r. 1318, kdy je doložen místní vladyka Zdislav z Mrače. Jeho sídlem byla patrně starší tvrz, ze které zůstalo jenom tvrziště, ležící asi 100 m východně od pozdější, dodnes dochované tvrze. Je to nevysoký pahorek s příkrými svahy. Před tvrzištěm je homolovitý pahorek, na němž snad stával dřevěný srub. V r. 1356 se připomínají další vladykové z Mrače, bratři Oldřich, Vilém a Ješata. Písemné zprávy o tvrzi se nedochovaly a také důvody, proč brzy zanikla, nejsou známy.
Počátkem 15. století byl držitelem tvrze Mikuláš (Mikeš) Divůček (tj. Divoký) z Jemniště a Cimburka. Vstoupil do služeb krále Václava IV. a na jeho dvoře se také seznámil s Janem Husem. Patřil mezi jeho nejbližší přátele a roku 1414 jej varoval před cestou do Kostnice.
Vodní tvrz, která byla přestavěna do současné podoby v 18. století, stojí západně od kostela v Popovicích stojí při mlýnském rybníku. Prvně je zmiňována roku 1354, založena byla snad už ve 13. stol. V 16. stol. proběhla renesanční přestavba. Po r. 1797 byla tvrz upravena na tkalcovnu, přádelnu, byty a skladiště, počátkem 20. stol. na lihovar. V 90. letech 20. stol. byla v restituci navrácena a postupně je rekonstruována. Dochoval se mj. zbytek původní gotické ohradní zdi na východní straně u rybníka.
Obdélná patrová budova, v dnešní podobě po barokní přestavbě, byla zmíněná již roku 1373.