Szwedzi po dopołudniowym pościgu za żołnierzami cesarskimi zajęli pozycję po obu stronach wokół Habrovki. Zwierzchni dowódca wojsk cesarskich Hatzfeld znów ugrupował swoją armię. Nie było to łatwym zadaniem, gdyż wojsko było wstrząśnięte niepowodzeniem, pojedyncze regimenty, jakie udało się pogrupować były prawie wszystkie słabo wyćwiczone do współpracy, a dowódcy nie wyczuwali potrzebnej spójności. Mimo to, armia cesarska ponownie zajęła ugrupowaną pozycję. Ze względu na należyte schronienie armia ugrupowała się w lesie Opatov, który sięgał do starej drogi prowadzącej z Ratměřic do Jankowa. Na całej tej długości wojsko cesarskie stało w lesie, poza obrzeżem lasu żołnierze wybudowali zasieki i czekali na kolejne rozkazy. Hatzfeld nie mógł odsuwać starcie na dłużej niż do następnego dnia, ponieważ zapasy armii pozostały w mieście Tábor.
Szwedzki dowódca Torstensson chciał zobaczyć odwrót wojsk cesarskich na własne oczy. Ruszył więc w towarzystwie małego zastępu na szczyt i zdziwił się, gdy zobaczył ugrupowaną armię pod wzgórzem. Kiedy żołnierze cesarscy zobaczyli wroga na horyzoncie, znów zaatakowali bez rozkazu. Hatzfeld nie mając innej możliwości, musiał wydać powszechny rozkaz do ataku i rozpocząć popołudniową część bitwy. Walczono po obu stronach starej drogi prowadzącej z Ratměřic do Jankowa. Na początku oddziały cesarskie miały więcej powodzenia. Odparli Szwedów i w miejscu dzisiejszego cmentarza ratměřickiego zdobyli dziesięć dział szwedzkich. Później jednak przyszły Szwedom na pomoc posiłki. Na wzgórzu obok Habrovki ustawiły dodatkowe działa i ostrzeliwały oddziały, które przedostawały się tutaj z wielkim trudem po schodowatych miedzach. Pewnej liczbie żołnierzy cesarskich udało się obejść te działa i wypchnąć Szwedów do miejsc dzisiejszego cmentarza janowskiego, gdzie prowadzono zacięte walki. W międzyczasie Hatzfeld wysłał jedenaście eskadr kawalerii generała Wertha, czyli około dwóch tysięcy jazdy konnej, aby tyłem ominęły Ratměřice oraz Habrovkę, i zaatakowały Szwedów od tyłu. Manewr ten rzeczywiście się udał, lecz jazda cesarska zamiast ścigania odpartych Szwedów, trafiając na słabo bronione tyły szwedzkie, jęła się plądrowania wozów załadowanych zapasami i zdobyczą wojenną. W tym czasie pojmano do niewoli m.in. żonę Torstenssona, Beatę de la Gardie. Nie pozostała ona jednak zbyt długo w niewoli, ponieważ plądrowanie zemściło się żołnierzom cesarskim. Jazda szwedzkiego generała dywizji Gouglsa, która w okolicy cmentarza janowskiego odparła wojsko cesarskie, szybko przyjęła szyk i natychmiast wyruszyła w kierunku Habrůvki, gdzie natarła na plądrujących żołnierzy cesarskich. Szybko je pogromiła, zmusiła do ucieczki i uwolniła m.in. żonę Torstenssona.
Ostatnim starciem w bitwie była walka jazdy cesarskiej ze szwedzką piechotą pod Hartmanami, jednak również w tym przypadku kawaleria została rozbita za pomocą szwedzkich dział. O trzeciej po południu na polu bitwy została tylko piechota von Hatzfelda, dowódca cesarski musiał dołączyć do niej na niedużą górkę. Chwilę później także i te oddziały rzuciły się w ucieczkę, doświadczając szwedzkiego ognia krzyżowego. W trakcie ucieczki sam Hatzfeld został zatrzymany pośród własnych żołnierzy przez dwóch szwedzkich oficerów. Pod wieczór przyprowadzono go na wzniesienie koło Habrovki, na miejsce, w którym dziś stoi pomnik bitwy. Tam złożył Torstenssonovi swój kord i skapitulował.
Źródła historyczne są zgodne co do tego, że obie armie walczyły bardzo dzielnie. Dokumentuje to również duża liczba poległych. Po stronie cesarskiej poległo około cztery tysiące żołnierzy, po stronie szwedzkiej mniej więcej dwa i pół tysiąca. W przybliżeniu trzy tysiące żołnierzy cesarskich wzięto do niewoli. W wyliczeniu strat podaje się, że poległ marszałek cesarski Götz, a do niewoli wzięto marszałka polnego Hatzfelda, pięciu generałów i dziewięciu pułkowników. Odliczywszy od pierwotnej sumy szesnastu tysięcy żołnierza osoby poległe, wzięte do niewoli i te z pomocniczych oddziałów bawarskich i saskich, które powróciły do domu, to kilka dni później na zbiorowisku na Białej Górze za Pragą zeszło się niespełna trzy tysiące żołnierza. Armia cesarska była praktycznie zdruzgotana. Cesarz Ferdynand III po otrzymaniu wiadomości o wyniku bitwy wyjechał z Pragi i ruszył z przygotowaniami obrony Wiednia.