Nach der Vormittagsverfolgung der Kaiserlichen bezogen die Schweden an beiden Flanken rund um Habrovka Stellung. Der obere Befehlshaber Hatzfeld formierte die kaiserliche Armee erneut zum Vormarsch. Das war nicht einfach, denn seine Truppen waren arg vom Misserfolg erschüttert und die einzelnen, zusammengesammelten Truppen waren bis auf wenige Ausnahmen wenig aufeinander eingespielt und auch zwischen den einzelnen Befehlshabern fehlte es am nötigen Zusammenhalt. Dennoch bezog die kaiserliche Armee erneut Schlachtstellung. Der Deckung wegen stand sie im Wald von Opatov, der allerdings bis zum alten Weg von Ratměřice nach Jankov reichte. Die kaiserliche Armee stand in ganzer Länge im Schatten des Waldes, ja sie errichtete hinter dem Waldrand sogar Verhaue und wartete auf weitere Befehle. Weiter, als bis zum nächsten Tag konnte Hatzfeld das Treffen nicht hinausschieben, da sich der Tross mit den Vorräten ja in Tabor befand.
Der schwedische Heerführer Torstensson wollte den Rückzug der Kaiserlichen mit eigenen Augen sehen. So ritt er in Begleitung einer kleiner Abteilung auf die Anhöhe und war verblüfft, die Kaiserlichen kampfbereit vorzufinden. Als die Kaiserlichen den Feind am Horizont erblickten, griffen sie diesen ohne Befehl an. Hatzfeld blieb nichts anders übrig, als allgemeinen Befehl zum Angriff zu geben und so die Nachmittagsschlacht einzuleiten. Der Kampf loderte zu beiden Seiten des alten Weges von Ratměřice nach Jankov. Zu Anfang waren die Kaiserlichen erfolgreicher. Sie drängten die Schweden zurück und an der Stelle des heutigen Ratměřicer Friedhofs erbeuteten sie zehn schwedische Geschütze. Dann kam den Schweden Verstärkung zu Hilfe, auf der Höhe neben Habrovka stellten sie weitere Geschütze auf und begannen damit, die Trupps unter Beschuss zu nehmen, die sich schwer über die terrassenartigen Raine emporkämpften. Einem Teil der kaiserlichen Armee gelang es jedoch, diese Geschütze zu umgehen und die Schweden bis zum heutigen Friedhof von Jankov zurückzudrängen, wo es zu verbissenen Gefechten kam. Inzwischen hatte Hatzfeld elf Reitergeschwader von General Werth, also etwa zweitausend Reiter ausgesandt, um Ratměřice und Habrovka in einem großen Bogen zu umreiten und den Schweden in den Rücken zu fallen. Das gelang ihnen auch wirklich, aber anstatt die kaiserliche Kavallerie die aus den Stellungen geworfenen Schweden verfolgte, stieß sie auf die nur schwach geschützte Rückhut der Schweden und machte sich daran, die Wagenlasten mit Vorräten und Kriegsbeute zu plündern. Im gleichen Moment geriet auch Torstenssons Gattin Beata de la Gardie in Gefangenschaft. Sie blieb jedoch nicht lange gefangen, da die Kaiserlichen schwer für ihre Plünderei zu büßen hatten. Die Reiterei des schwedischen Generalmajors Gougls, der die Kaiserlichen im Raum des Jankauer Friedhofs zersprengt hatte, formierte sich schnell und jagte augenblicklich nach Habrůvka, wo sie über die plündernden kaiserlichen Soldaten her fiel. Bald waren diese verdrängt und in die Flucht geschlagen, wobei auch Tostenssons Ehegattin wieder befreit wurde.
Das letzte Gefecht dieser Schlacht lieferten sich die kaiserliche Kavallerie und die schwedische Infanterie bei Hartmany, aber wiederum wurde die Reiterei mit Unterstützung von Kanonenfeuer in die Flucht geschlagen. Um drei Uhr nachmittags blieb nur noch Hatzfeld’s Infanterie auf dem Schlachtfeld und der kaiserliche Heerführer zog sich zu ihr auf einen kleinen Hügel zurück. Kurz darauf machten sich aber auch diese Einheiten unter dem Kreuzfeuer der Schweden auf die Flucht. Bei der Flucht wurde Hatzfeld von zwei schwedischen Offizieren im Strom seiner Männer entdeckt und gefangen genommen. Zum Abend hin wurde er auf die Anhöhe bei Habrovka gebracht, wo bis heute ein Denkmal der Schlacht steht. Dort überreichte er Torstensson seine Klinge und kapitulierte.
Die Geschichtsquellen sind sich darin einig, dass beide Armeen äußerst tapfer kämpften. Davon zeugt auch die große Anzahl der Gefallenen. Die Kaiserlichen verloren etwa 4000 Mann, auf schwedischer Seite fielen 2500. Ungefähr drei Tausend Kaiserliche gingen in Gefangenschaft. In der Aufzählung der Verluste ist angeführt, der kaiserliche Marschall Götz sei gefallen und Feldmarschall Hatzfeld, fünf Generäle und neun Oberste seine in Gefangenschaft gefallen. Wenn man von den ursprünglichen schätzungsweise sechzehntausend Mann die Gefallenen, in Gefangenschaft Geratenen und die Männer der bayrischen und sächsischen Hilfskorps abrechnet, die nach Hause zurückkehrten, kamen ein paar Tage danach beim Treffen am Weißen Berg (Bílá hora) hinter Prag nicht ganz dreitausend Mann zusammen. Die kaiserliche Armee war praktisch vernichtet. Sofort nachdem er vom Ergebnis der Schlacht erfahren hatte, verließ Kaiser Ferdinand III. Prag und machte sich eilends nach Wien auf, um dessen Verteidigung vorzubereiten.