Gdy Szwedzi przedostali się do Sedlčan, a następnie przez Kosową Górę do Olbramovic, wojska cesarskie wyruszyły szybkim marszem z Tábora, gdzie ze względu na szybkość przemieszczania pozostawiły wozy z zapasami i świtę markietanów. W ciągu nocy z 4 na 5 marca 1645 roku przemieściły się aż do Ratměřic. Zajmując pozycję na linii Odlochovice – Ratměřice – Skrýšov, gotowe były do starcia decydującej bitwy, na której cesarzowi tak mocno zależało.
Szwedzi wtenczas dotarli przez Utrženec i Jankovą Lhotę do Jankowa i przyjęli pozycję na linii Janovská Lhota – wzgórze Chrastišov za Jankowem – Otradovice.
Wojskom szwedzkim dowodził czterdziestodwuletni marszałek polny Lennart Torstensson, ekspert od artylerii i w tym czasie już doświadczony dowódca. Jego poddowódcami byli czterdziestoletni generał dywizji Robert Souhlas, Anglik, oraz generał major Karol Gustav, późniejszy król szwedzki. Armia liczyła ponad 6 000 żołnierzy piechoty (pikinierów i muszkieterów), ok. 8 500 jeźdźców, 500 artylerzystów, 900 oficerów i personelu sztabowego. Łącznie zatem 16 000 żołnierzy. Zgodnie ze zwyczajem w ówczesnych czasach większość z nich to żołnierze zaciężni wielu narodowości. Tylko dwa pułki posiadały własny mundur, cała reszta miała zwykłe, w większości przypadków mocno podarte ubranie. Aby rozróżnić siebie nawzajem w bitwie, otrzymali niebieskie szarfy i wstęgi. W uzbrojeniu armii szwedzkiej znajdowało się ok. sześćdziesiąt dział, przede wszystkim trzyfuntowych (o kalibrze 70 mm) o zasięgu mniej więcej 800 metrów. Musiało tu jednak być też kilka dużych dział dwudziestoczterofuntowych, ponieważ również takie kule znaleziono na janowskim polu bitwy.
Stan armii cesarskiej był niewesoły. W 1642 roku ucierpiała druzgocącą klęskę pod Lipskiem i przez kilka następnych lat stroniła się od większych starć z wrogiem. Jednakże teraz konieczne było skompletowanie nowej armii z resztek wojsk i sił alianckich. Cesarz Ferdynand III przyjechał na początku 1645 roku do Pragi, aby dodać wagi przygotowaniom do stawienia czoła armii szwedzkiej. Nowym zwierzchnikiem wojsk mianował marszałka polnego Melchiora Hatzfelda, wówczas w wieku pięćdziesięciu dwóch lat. Armia cesarska utworzona została z oddziałów cesarskich rozmieszczonych w Polsce i na Węgrzech, dołączyły do niej oddziały, które wysłane zostały przez aliantów Habsburgów z Bawarii i Saksonii. Niemniej jednak na przykład jazda bawarska została tylko „wypożyczona” na okres zimowy, w którym zazwyczaj nie toczono walk. Na wiosnę musiała być już z powrotem w Bawarii, której zagrażała katolicka Francja. Liczebność armii cesarskiej była mniej więcej taka sama co szwedzkiej, liczyła około 16 000 żołnierzy. Jej kawaleria była silniejsza o dwa tysiące żołnierzy, za to artyleria była słabsza. Tylko 26 dział, również w większości trzyfuntowych.
Na stosunkowo małym obszarze skupiła się wielka ilość ludzi i koni. Można szacować, że wokół Jankowa obozowało ponad 30 tysięcy żołnierzy i około 20 tysięcy koni. Obie armie miały za sobą długie marsze w śniegu, był mróz i wszyscy oczywiście sypiali pod gołym niebem. Z powodu oczekiwanej bitwy zarządzono zakaz rozchodzenia się do okolicznych wiosek. To był wieczór pierwszej niedzieli postnej 5 marca 1645 roku. Tereny wokół Jankowa nie były odpowiednie dla ówczesnego sposobu prowadzenia walk, krajobraz był zbyt rozczłonkowany, nieprzejrzysty, ale dowódcy po obu stronach nie mieli już wyboru. Tereny w kierunku na wschód byłyby dla dużej bitwy jeszcze gorsze.