Toen Zweden tot Sedlčany kwamen en via Kosova Hora tot Olbramovice, ging het keizerlijke leger snel uit Tábor marcheren, waar omwille van de snelheid de wagens met voorraad en marketentsters werden achtergelaten. In de nacht van 4 op 5 maart 1645 kwam het leger tot Ratměřice aan. Het bezette de positie op de lijn Odlochovice – Ratměřice – Skrýšov, vastbesloten de beslissende slag te slaan, waar de keizer zo op aandrong.
Zweden kwamen in die tijd via Utrženec en Jankova Lhota tot Jankov aan en bezetten de positie op de lijn Janovská Lhota – de heuvel Chrastišov achter Jankov – Otradovice.
Het Zweedse leger werd aangevoerd door tweeënveertigjarige veldmaarschalk Lennart Torstensson, een artillerie expert en in die tijd al een ervaren bevelhebber. Zijn ondergeschikte bevelhebbers waren de veertigjarige generaalmajoor Robert Souhlas, Engelsman, en generaalmajoor Karel Gustaaf, die later koning van Zweden werd. Het leger telde meer dan 6.000 mannen infanterie (piqueniers en musketiers), ongeveer 8.500 cavaleristen, 500 artilleristen, 900 officieren en stafpersoneel. Bij elkaar dus 16.000 mannen. Zoals in die tijd gebruikelijk was, de meeste daarvan waren ingehuurde soldeniers van vele nationaliteiten. Slechts twee regimenten hadden eigen uniform, alle overige onderdelen alleen gewone kledij, vaak nogal versleten. Om elkaar te herkennen, droegen zij blauwe sjerpen en linten. Het Zweedse leger was bewapend met ongeveer 60 kanonnen, meestal van drie pond (kaliber 70 mm), met schotbereik van 800 meter. Maar zij moesten ook enkele grote kanonnen van vierentwintig pond hebben, want zelfs dergelijke kogels zijn op het slagveld van Jankov gevonden.
De conditie van het keizerlijke leger was troosteloos. In 1642 was dit leger door een verpletterende nederlaag bij Leipzig getroffen en gedurende enkele jaren daarna ontweek het grotere gevechten met vijand. Nu was het echter nodig om van de nog te gebruiken manschappen en de door bondgenoten beschikbaar gestelde versterkingen een nieuw leger samen te stellen. Keizer Ferdinand III is zelfs begin 1645 naar Praag gekomen om de voorbereiding het nodige gewicht te geven. Hij stelde als nieuwe hoofdbevelhebber veldmaarschalk Melchior Hatzfeld aan, toen tweeënvijftig jaar oud. Het keizerlijke leger was opgebouwd van troepen die normaal in Polen en Hongarije waren geplaatst, met divisies van bondgenoten van Hanbsburgen uit Beieren en Saksen. Maar bijvoorbeeld de Beierische cavalerie was slechts voor de wintermaanden „uitgeleend“, toen men meestal geen oorlogen voerde. In het voorjaar moest die terug naar het door katholiek Frankrijk bedreigde Beieren. Het keizerlijke leger had ongeveer zelfde aantal manschappen als het Zweedse, rond 16.000. Zijn cavalerie was twee duizend man sterker, maar de artillerie daarentegen zwakker. Alleen 26 kanonnen, meestal ook van drie pond.
Op een relatief klein gebied werden veel mensen en paarden geconcentreerd. Rond Jankov bivakkeerden meer dan 30 duizend soldaten en ongeveer 20 duizend paarden. Beide legers hadden lange tochten door sneeuw achter de rug, het vroor en zij moesten natuurlijk onder de blote hemel overnachten. Vanwege het verwachte gevecht mochten de manschappen zich niet over de omliggende dorpen verspreiden. Het was avond 5 maart 1645, de eerste vastenzondag. Het terrein rond Jankov was voor de toenmalige wijze van gevechten niet echt geschikt, het landschap was te geleed en onoverzichtelijk, maar beide veldheren konden niet meer kiezen. Meer naar het Oosten was het terrein nog minder geschikt om een groot gevecht te houden.