Když se Švédové dostali k Sedlčanům a přes Kosovu Horu k Olbramovicím, dala se císařská armáda do rychlého pochodu z Tábora, kde kvůli rychlosti nechala vozy se zásobami a markytánský doprovod. Během noci ze 4. na 5. března 1645 se přesunula až k Ratměřicím. Zaujala postavení na čáře Odlochovice – Ratměřice – Skrýšov, odhodlaná svést rozhodující bitvu, na kterou císař tolik naléhal.
Švédové v tu dobu došli přes Utrženec a Jankovou Lhotu k Jankovu a zaujali postavení na čáře Janovská Lhota – vrch Chrastišov za Jankovem – Otradovice.
Švédské armádě velel dvaačtyřicetiletý polní maršálek Lennart Torstensson, dělostřelecký odborník a v té době již zkušený velitel. Jeho podveliteli byli čtyřicetiletý generálmajor Robert Souhlas, Angličan, a generální major Karel Gustav, pozdější švédský král. Armáda měla přes 6 000 mužů pěchoty (pikenýrů a mušketýrů), asi 8 500 jezdců, 500 dělostřelců, 900 důstojníků a štábního personálu. Tedy celkem 16 000 mužů. Jak bylo v tehdejší době obvyklé, většinu tvořili najatí žoldnéři mnoha národností. Jen dva pluky měly vlastní uniformu, všichni ostatní měli obyčejné, většinou dost rozedrané šaty. Aby se v bitvě poznali, byli označeni modrými šerpami a stužkami. Ve výzbroji švédské armády bylo asi šedesát děl, většinou tříliberních (ráže 70 mm)s dostřelem asi 800 metrů. Ale muselo tu být i několik velkých čtyřiadvacetiliberních kusů, protože i takové koule byly na janovském bojišti nalezeny.
Stav císařské armády byl neutěšený. V roce 1642 utrpěla drtivou porážku u Lipska a několik dalších let se vyhýbala větším střetnutím s nepřítelem. Teď však bylo nutné postavit z dosud schopných zbytků a z posil spojenců armádu novou. Císař Ferdinand III. přijel dokonce počátkem roku 1645 do Prahy, aby tím dodal váhu přípravám na vystoupení proti švédské armádě. Jmenoval novým vrchním velitelem polního maršálka
Melchiora Hatzfelda, tehdy dvaapadesátiletého. Císařská armáda byla vytvořena z císařských oddílů rozmístěných v Polsku a Uhrách, připojily se k ní oddíly, které poslali spojenci Habsburků z Bavorska a Saska. Ale například bavorská jízda byla jen „zapůjčena“ na zimní měsíce, kdy se obvykle neválčilo. Na jaře už musela být zpátky v Bavorsku, které ohrožovala katolická Francie. Císařská armáda byla asi stejně početná jako švédská, čítala tedy kolem 16 000 mužů. Měla asi o dva tisíce mužů silnější jízdu, zato měla slabší dělostřelectvo. Pouhých 26 děl, také většinou tříliberních.
Na poměrně malém území se soustředilo velké množství lidí a koní. Dá se odhadnout, že okolo Jankova tábořilo přes 30 tisíc vojáků a asi 20 tisíc koní. Obě armády měly za sebou dlouhé pochody ve sněhu, byl mráz a všichni samozřejmě nocovali pod širým nebem. Kvůli očekávané bitvě platil zákaz rozptýlit se po okolních vesnicích. Byl večer o první neděli postní 5. března 1645. Terén okolo Jankova nebyl pro tehdejší způsob válčení příliš vhodný, krajina byla příliš členitá a nepřehledná, ale oba vojevůdci si už nemohli vybírat. Východním směrem by byl terén pro velkou bitvu ještě nevhodnější.