Trzy dziesiątki lat trwająca seria wypraw, bitw i lokalnych konfliktów, którą dziś oznaczamy mianem wojna trzydziestoletnia, rozpoczęła się w Pradze wskutek sporu stanów czeskich z cesarzem i jego namiestnikami na Zamku Praskim. Owa nieco komiczna defenestracja, podczas której szlachcice Slavata i Martinic wraz z jednym sekretarzem zostali wyrzuceni na kupę gnoju i odpadków pod oknami ich biura, stanowiła początek dla najdłuższego i najbardziej krwawego konfliktu w znanej podówczas historii. Po dwóch latach stany czeskie przegrały pod Białą Górą, ale spór przeniósł się do Niemiec, gdzie przez kolejne dziesięć lat walczyli niemieccy książęta katoliccy z książętami protestanckimi. W tym czasie chodziło właściwie o wewnętrzny spór Niemiec dotyczący swobody politycznej i postaci wiary, choć na krótko wkroczyły weń również wojska monarchy duńskiego.
W 1631 roku do niemieckiego wybrzeża Bałtyku przybiły szwedzkie oddziały. Ich celem było wsparcie ich protestanckich współwierców. Z wewnętrznego konfliktu niemieckiego stała się wojna ogólnoeuropejska. Kolejno dołączyli do niej Habsburgowie hiszpańscy, walcząc po stronie cesarza, a katolicka Francja dołączyła do protestanckich Szwedów. Z kolei Holendrzy od przegranej wojsk cesarskich oczekiwali osłabienie Habsburgów w Hiszpanii. Toczący się konflikt wciągał coraz to nowych walczących. Wiele książąt w czasie Wojny przeszło ze strony szwedzkiej na stronę cesarską, a w wojskach, które bardzo szybko przemieszczały się po Europie, po obu stronach walczyli zarówno żołnierze zaciężni, jak i rekruci wszystkich narodów. Niemcy, Anglicy, Włosi, Duńczycy, Szwedzi, Czesi, Żydzi, Chorwaci, Turcy. Pod tym względem był to z pewnością konflikt „ogólnoświatowy” jak na ówczesne czasy.
Na początku 1645 roku obydwie walczące strony były już mocno wyczerpane. Problem finansowania wojsk zaciężnych był obecny od początku wojny, żołd opóźniał się i głodne wojska regularnie plądrowały obszary, w których rozbijały obozowiska. Zupełnie nie bacząc na to, czy miejscowa ludność należy do aliantów czy wrogów. Na szczęście każda strona mogła sobie pozwolić zazwyczaj na jedną tylko armię, która przemieszczała się po Europie. Niemniej jednak, im dłuższy był okres obozowania wojska w jakimś miejscu, tym bardziej miejsce to pustoszało z powodu coraz gorszych warunków do przybywania w tej krainie. W tren sposób doszło do splądrowania Czech i Niemiec, części Polski, Danii i niektórych obszarów Szwecji. Choć bitwy były krwawe, to o wiele więcej ludzi zmarło na skutek głodu, chorób, podczas grabieży i gromadzenia żywności dla armii liczących dziesiątki tysięcy żołnierzy. O definitywnym pokoju rozważano już w 1635 roku, jednak obie strony nadal miały nadzieję, że uda im się sytuację odwrócić decydującą bitwą. Wyprawa, do której należy również bitwa pod Jankowem, była właśnie jedną z takich prób.
Jesienią 1644 roku marszałek wojsk szwedzkich Lennart Torstenssson zdecydował się uderzyć szybką ofensywą na Wiedeń i definitywnie zwyciężyć nad katolickim cesarzem Ferdynandem III. Dlatego wyruszył z Lipska, gdzie jego armia zimowała, przekroczył góry koło miejscowości Kadaň na zachodzie Czech i kierował się na południe. Cesarz zadecydował, że wyprawę tę należy ukrócić za każdą cenę. Zadaniem wojsk cesarskich, które nadciągnęły do Czech z Polski i Węgier, było uniemożliwienie Szwedom, aby przekroczyli Wełtawę – a w przypadku niepowodzenia – starcie z nimi decydującej bitwy. Manewry obydwu wojsk miały miejsce w obszarze między Klatowami, Strakonicami i Táborem. Kiedy Szwedzi przekroczyli zamarzniętą Wełtawę, nic już nie stało im na drodze do Moraw i Wiednia. Decydująca bitwa była nieunikniona.