Tři desítky let trvající série tažení, bitev a místních konfliktů, kterým dne říkáme třicetiletá válka, začala v Praze sporem českých stavů s císařem a jeho místodržícími na Pražském hradě. Ona trochu komická defenestrace, kdy šlechtici Slavata a Martinic spolu s jedním písařem skončili na hromadě hnoje a odpadků pod okny své kanceláře, odstartovala nejdelší a nejkrvavější konflikt v tehdy známých dějinách. Čeští stavové prohráli po dvou letech na Bílé Hoře, ale spor se přenesl do Německa, kde dalších deset let spolu válčila německá katolická a protestantská knížata. V té době šlo vlastně o vnitroněmecký spor o politické svobody a podobu víry, byť do něj krátce zasáhla i armáda dánského krále.
V roce 1631 se na německém baltském pobřeží vylodily švédské oddíly, aby pomohly svým protestantským souvěrcům. Z vnitroněmeckého konfliktu se stala válka celoevropská. Postupně se d o ní zapojili španělští Habsburkové na císařské straně a katolická Francie se přidala k protestantským Švédům. Holanďané si zase do porážky císařských slibovali oslabení Habsburků ve Španělsku. Valící se konflikt na sebe nabaloval další a další bojující. Mnoho knížat během Války přešlo ze švédské strany na císařskou, ale nehledě na to, v armádách, které velmi rychle křižovaly Evropou, bojovali na obou stranách žoldnéři i odvedenci všech národností. Němci, Angličané, Italové, Dánové, Švédové, Češi, Židé, Chorvaté, Turci. V tomto slova smyslu to opravdu byl na tehdejší dobu konflikt „celosvětový“.
Na počátku roku 1645 byly obě válčící strany už velmi vyčerpané. Problém, s financováním žoldnéřských armád tu byl od začátku války, žold se opožďoval a hladové armády pravidelně plenily území, kde tábořily. Naprosto bez ohledu na to, jestli místní obyvatelé patří ke spojencům či nepřátelům. Naštěstí se každá strana zmohla obvykle jen na jednu armádu, která se pohybovala Evropou a čím déle někde tábořila, tím pustější a neobyvatelnější se krajina stávala. Tato byly zpustošeny Čechy i Německo, část Polska, Dánsko i některá švédská území. I když bitvy byly krvavé mnohem více lidí zemřelo na následky hladu, nemocí a při plenění a shánění potravin pro desetitisícové armády. O konečném míru se uvažovalo už od roku 1635, ale obě strany doufaly, že se jim ještě podaří rozhodující bitvou zvrátit situaci. Tažení, k němuž patří i bitva u Jankova, bylo právě takovým pokusem.
Na podzim roku 1644 se vojevůdce švédských vojsk Lennart Torstenssson rozhodl Rychlým úderem zaútočit na Vídeň a definitivně pokořit katolického císaře Ferdinanda III. Proto vyrazil z Lipska, kde jeho armáda zimovala, překročil pohraniční hory u západočeské Kadaně a směřoval na jih. Císař rozhodl, že tomuto tažení je třeba za každou cenu zabránit. Císařská armáda, která do Čech přitáhla z Polska a Uherska měla za úkol zabránit Švédům v překročení Vltavy a pokud se jí to nepodaří, svést s nimi rozhodující bitvu. Obě armády manévrovaly v krajině mezi Klatovy, Strakonicemi a Táborem. Když Švédové překročili zamrzlou Vltavu, v cestě na Moravu a k Vídni už jim nestálo nic v cestě. Rozhodující bitva byla nevyhnutelná.