Muzeum w Netvořicach jako Muzeum Miejskie zostało założone w 1919 roku przy wsparciu gminy i Stowarzyszenia Rdzennej Ludności z Netvořic i okolic. Pierwotnie mieściło się w domu nr 7, w 1924 r. zyskało osobny budynek, w którym znajduje się do dziś. Muzeum posiada niezwykłą kolekcję kamionki tynieckiej, a także kolekcję sztuki użytkowej i przedmiotów twórczości ludowej - monet, medali, plakiet i ozdób.
Muzeum zostało założone przez Stowarzyszenie Muzealne Ochrony Zabytków Netvořic i Okolic, którego zebranie założycielskie odbyło się 1 listopada 1919 r. Pod koniec 1922 r. Stowarzyszenie Muzealne liczyło 126 członków. Głównymi zwolennikami muzeum była wieś Netvořice i praskie „Towarzystwo Rdzennych Mieszkańców Netvořic i Okolic”. Zbiory opierały się głównie na darowiznach od członków Towarzystwa. W 1924 r. rada miejska przeznaczyła dla muzeum i jego rosnących zbiorów dom z ogrodem na dawnym dziedzińcu dworskim. Został on rozbudowany w 1931 r. i dodano drugie piętro. W ten sposób budynek muzeum uzyskał swój obecny kształt.
Do początku II wojny światowej członkowie stowarzyszenia muzealnego pracowali nad ulepszaniem i uzupełnianiem zbiorów, zwłaszcza unikalnej kolekcji wyrobów z nieistniejącej już manufaktury kamionki w Tyńcu nad Sazawą. Działalność ta została przymusowo przerwana przez okupację, a następnie przymusowe wysiedlenie Netvořic. Zbiory muzealne zostały pospiesznie przewiezione do Benešova. Po zakończeniu wojny, wraz z powrotem wysiedlonej ludności Netvořák, Stowarzyszenie Muzealne zaczęło ponownie działać. Dzięki niemu w 1947 r. powróciła większość eksponatów muzealnych. W 1952 roku, kiedy stowarzyszenie zakończyło swoją działalność, administracja muzeum została przekazana gminie Netvořice.
W latach dziewięćdziesiątych XX wieku stopniowo zaczęto rekonstruować budynek muzeum i lepiej organizować zbiory. Przywrócono również działalność Stowarzyszenia Rdzennych Mieszkańców i wznowiono jego działalność pod nazwą „Stowarzyszenie Rdzennych Mieszkańców i Przyjaciół Muzeum w Netvoricach”.