Après avoir poursuivi les impériaux pendant la matinée, les Suédois ont pris position sur les deux côtés de Habrovka. Le commandant en chef des impériaux Hatzfeld a rangé de nouveau son armée en ordre de bataille. Ce n‘était pas facile puisque les troupes étaient bouleversées par l‘échec et les différentes unités rassemblées n‘étaient pas, sauf exceptions, très en concordance et il n‘y avait pas de cohésion nécessaire entre les commandants. Malgré cela l‘armée impériale s‘est formée de nouveau. Pour être cachée, elle a été formée dans la forêt Opatov qui s‘étendait cependant jusqu‘au vieux chemin de Ratměřice à Jankov. Les troupes impériales se tenaient dans toute cette longueur, elles ont même construit des obstacles derrière le bord de la forêt et attendaient de nouveaux ordres. Etant donné que les provisions de l’armée étaient restées à Tábor, Hatzenfeld ne pouvait pas reporter la bataille à plus tard qu’au lendemain.
Le commandant suédois Torstensson a voulu voir la retraite des impériaux de ses propres yeux. Accompagné d’une petite troupe, il est donc monté sur la faîte et il a été surpris de voir au-dessus de lui une armée formée. Ayant apperçu l’ennemi à l’horizon, les impériaux ont lancé une nouvelle attaque sans ordre. Hatzenfeld n’avait d’autre issue que de donner la directive générale de lancer l’attaque et de commencer ainsi l’étape d’après-midi de la bataille. On luttait des deux côtés du vieux chemin de Ratměřice à Jankov. Au début, les impériaux ont marqué plus de succès. Ils ont repoussé les Suédois et à l’emplacement du cimetière de Ratměřice actuel, ils se sont emparés de dix canons suédois. Mais après, des renforts sont venus à l‘aide des Suédois, ils ont placé d‘autres canons aux hauteurs à côté de Habrovka et ont tiré sur les troupes qui avaient du mal à y monter par les bornes en gradins. Une partie des impériaux a réussi à contourner ces canons-là et à repousser les Suédois jusqu‘à l‘emplacement du cimetière de Janov actuel où on luttait avec acharnement. En attendant, Hatzfeld a envoyé onze escadrons de cavalerie du général Werth, donc à peu près deux mille cavaliers, pour faire le tour de Ratměřice et Habrovka et pour attaquer les Suédois par derrière. Ils y ont vraiment réussi mais au lieu que la cavalerie suédoise poursuive les Suédois repoussés, elle est tombée sur les arrières suédois, faiblement défendus, et elle s’est mise à piller les voitures de provisions et de prise de guerre. A ce moment-là, on a fait prisonnier même la femme de Torstensson, Beata de la Gardie. Mais elle n’est pas restée longtemps en captivité puisque les impériaux ont été sévèrement punis d’avoir pillé. La cavalerie du général de brigade suédois Gougls, ayant repoussé les impériaux à l’emplacement du cimetière de Janov, s’est vite formée et est partie tout de suite vers Habrůvka où elle a attaqué les soldats impériaux en train de piller. Elle les a bientôt repoussés, les a mis en fuite et a libéré ainsi la femme de Torstensson.
Le dernier combat de la bataille, c’était un combat entre la cavalerie impériale et l’infanterie suédoise près de Hartmany. La cavalerie a été chassée, une fois encore avec l’aide des canons suédois. A trois heures de l’après-midi, l’infanterie de von Hatzfeld est restée seule sur le champ de bataille et le commandant impérial a été obligé de venir la joindre sur une petite colline. Mais après un instant, ces troupes ont pris, elles-aussi, la fuite devant les feux croisés des Suédois. Hatzfeld lui-même a été arrêté en fuite par deux officiers suédois dans le flot de ses hommes. Le soir, il a été amené à une butte près de Habrovka, où se trouve aujourd’hui le mémorial de la bataille. Là il a remis son épée à Torstensson et a capitulé.
Les sources historiques sont d’accord sur ce que les deux armées ont lutté très bravement.Ce fait est prouvé également par le nombre de tombés. Du côté impérial, environ quatre mille hommes ont été tués, de celui des Suédois à peu près deux mille et demi. A peu près trois mille impériaux ont été faits prisonniers. Dans la liste de pertes on mentionne que le maréchal impérail Götz a été tué, le feld-maréchal Hatzfeld a été fait prisonnier ainsi que cinq généraux et neuf colonels. Si on déduit du nombre originel de seize mille hommes les morts, les prisonniers et les corps auxiliaires bavarois et saxons obligés de rentrer à la maison, on arrive à un nombre de moins de trois mille hommes qui se sont rassemblés quelques jours plus tard dans le lieu de rassemblement à Bílá Hora derrière Prague. L’armée impériale a été pratiquement détruite. Après avoir reçu l’information sur le résultat de la bataille, l’empereur Ferdinand III a quitté Prague et est parti à Vienne pour préparer sa défense.