Die Burg Konopiště wurde Ende des 13. Jahrhunderts als gotische Festung nach dem Vorbild französischer Kastelle wahrscheinlich durch Bischof Tobias von Benešov gegründet. Die ersten baulichen Änderungen wurden Ende des 15. Jahrhunderts durch Georg von Sternberg und im 17. Jahrhundert durch die Hodějovskýs von Hodějov vorgenommen. Die Vrtbas von Vrtba wandelten die Burg im 18. Jahrhundert in eine Barockresidenz um. Franz Ferdinand d'Este, der das Schloss im Jahre 1887 kaufte, baute Konopiště in einen großzügigen Kaisersitz um.
Anstelle des heutigen Schlosses stand in Líšno einst die ursprüngliche, wohl erst nach 1367 gegründete Burg Léštno, als sich die Söhne von Ondřeje aus Dubé den väterlichen Erbbesitz unter sich aufteilten. Beneš von Dubé, der den hiesigen Landstrich erhielt, errichtete seinen Adelssitz an diesem willkommenen, durch Sümpfe und Teiche geschützten Ort. Dessen Sohn Václav von Dubé begleitete Magister Jan Hus nach Konstanz, den Hussiten schloss er sich jedoch nicht an, weshalb diese im Jahre 1420 dann seine Burg belagerten.
Die erste schriftliche Erwähnung stammt aus dem Jahr 1149 in Zusammenhang mit dem Prämonstratenserkloster, das im sog. Mondtal gegründet wurde. Das Kloster von Louňovice zerstörten im Jahre 1420 die Taboriten, die später die ganze Region beherrschten. Der archäologischen Erforschung der Geschichte des Klosters ist auch eine Ausstellung des Museums gewidmet, die das Nationalmuseum im Jahre 1981 im Objekt des Schlosses eröffnet hat.
Die ursprünglich gotische steinerne Festung der Herren von Janovice, geschützt durch einen Wassergraben, verwandelte sich allmählich in ein Renaissanceschloss, das im 17. und 18. Jahrhundert der Hauptsitz des Voticezweigs der Grafen von Vrtba war. Der letzte große Umbau erfolgte Mitte des 19. Jahrhunderts, als das Schloss seine gegenwärtige neugotische Gestalt bekam.